El Club Deportivo San Francisco es un club de la ciudad de Bahía Blanca , Buenos Aires, Argentina y su actividades principales son el fútbol y el handball (se incorporo en el 2009). Fue fundado el 9 de julio de 1987. Hasta el 2001 tuvo futbol femenino.
La sede social del club se encuentra en la calle Chacabuco 3051 desde más de quince años ya que anteriormente estaba ubicada en los barrios Villa Muñiz y Rosendo López. Actualmente la sede se ubica dentro del Barrio Villa Italia. El cambio de sede fue porque la sede estaba ubicada en terrenos pertenecientes a Vialidad Nacional.
Cuenta con un predio recreativo que esta ubicado en la Ruta Nacional Número 229, Kilómetro 10, Bahía Blanca. El predio perteneció al Banco de Río Negro y al Banco del Neuquen.
El nombre de la institución se debe a la iglesia de San Francisco de Asís de la ciudad de Bahía Blanca.
En los comienzos se llamaba Club Deportivo San Francisco de Asís, pero luego de los padres de los niños que manejaban el club querían afiliarse a la Liga del Sur y la iglesia se oponia a una futura afiliación a la liga.
La iglesia quería que solo participara en una liga barrial, después de idas y venidas entre los padres y la iglesia se decidio afiliarse a la Liga del Sur pero la iglesia dejaba de colaborar con el club fue por eso que se le saco de Asís quedando de esta forma el nombre actual.
El club esta en una crisis institucional desde el año 2005, varios socios encontraron el club en pésimas condiciones dirigenciales hasta el punto de que la sede se encontraba sin ninguna documentación.
En el 2006 se realizaron las elecciones presidenciales pero tras no llegar a un acuerdo entre los socios se realizo una asamblea y la resolución de los socios fue elegir una comision directiva reguladora para que " re funde " el club en el periodo de un año y luego del año llamar a elecciones abiertas. Los socios conformaron la lista con Manuel Centeno como Presidente, Ramón Martínez como Vicepresidente, Carlos Nieto como Tesoreo General y Tomás Néstor Blanco como Primer Vocal, entre otros.
La comisión directiva reguladora cumplio el año y fue re elegida para el periodo de 2008 - 2009 pero meses mas tarde el club sufre la segunda crisis institucional, Manuel Centeno (Presidente) renuncia al cargo por cuestiones personales y asume al cargo Ramon Martinez que era el sucesor del cargo al ser Vicepresidente, renunciaron Tomás Néstor Blanco por no estar de acuerdo en varios proyectos que la institución quería ejecutar, entre otros importantes dirigentes que se alejaron del club hasta el día de hoy.
En 2009 tras varias renuncias de dirigentes el club decidio re armar parte de la comision directiva.
Ramón Martínez se reunió con Jorge Dambolena para ofrecerle el cargo de Vicepresidente, cargo que acepta y se unen al nuevo proyecto 2009 pero en Marzo del mismo año renuncian ocho directivos de trece que tiene la comisión, esto "sacudió" al club en forma grave y Ramón Martínez pidió en carácter de urgencia licencia por cuatro meses, de esta manera asumió al cargo de la presidencia en forma provisoria el sucesor del cargo es según el estatuto del club es el Vicepresidente, el señor Jorge Dombolena.
Jorge Dombolena le ofrece a varios socios participar en las reuniones y ofrecerles cargos en la institución, la mayoría de ellos rechazan el ofrecimiento, finalmente consigue gente de confianza y se suman al nuevo proyecto del 2009, el mas conocido que vuelve al club es el Sr Tomás Néstor Blanco que estaba desde el 9 de enero de 2009 como Manager General de Handball, también Tomás Néstor Blanco estuvo en la comisión directiva del año 2006/7, en Marzo del 2009 asumió como Tesorero de la institución con tan solo 22 años de edad.
Tomás Néstor Blanco con tan solo 22 años de edad fue prendido fuego al estilo bonzo para robarle su maletín que contenía $ 3000,00 y documentación varia del club. Investigan a ex dirigentes y barras bravas, con este último asalto al joven tesorero ya son tres robos en los últimos cuatro meses. Blanco continúa en el cargo.
Participa del torneo promocional de ascenso que organiza la Liga del Sur, esta afiliado a la misma desde 1997.
El estadio se encuentra en el barrio Villa Italia, en la calle Chacabuco 3050, cuanta con una capacidad aproximada de 1.500 espectadores parados, su nombre oficial es Gustavo Novoa.
En el año 2009 se encuentra en refacciones para mejorar la calidad del modesto estadio.
Nunca ganó un torneo en primera división. Su mejor logro fue un cuarto puesto en el reducido de la temporada 2007.
Campeón 2008 categorías infantiles (Pre Décima, Décima, Novena y Octava ).